Ο Δρ Μαργαρίτης Ελευθέριος γεννήθηκε και μεγάλωσε στο Χαϊδάρι. Το 1997 πέτυχε στην Ιατρική σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών από όπου αποφοίτησε το 2003. Το 2005 ολοκλήρωσε την υπηρεσία υπαίθρου (αγροτικό) στον Αθανάσιο Διάκο Φωκίδας και στο κέντρο υγείας Λιδορικίου. Το 2006 εκπαιδεύτηκε στη Γενική Χειρουργική στο Γενικό Νοσοκομείο Ιεράπετρας ενώ το 2007 ολοκλήρωσε τη στρατιωτική του θητεία στο στρατό ξηράς.
Το 2008 ξεκίνησε την εκπαίδευση του στην Ωτορινολαρυγγολογία – Χειρουργική κεφαλής και τραχήλου στην ΩΡΛ κλινική του Νοσοκομείου Παίδων Αγλαΐα Κυριακού. Το 2009 συνέχισε στην Α’ ΩΡΛ κλινική του Πανεπιστημίου Αθηνών στο Γενικό Νοσοκομείο Αθηνών Ιπποκράτειο όπου και ολοκλήρωσε την ειδικότητά του το 2012. Το 2011 μετεκπαιδεύτηκε στην Ρινολογία – Χειρουργική ρινός στο ακαδημαϊκό ιατρικό κέντρο (AMC) του Άμστερνταμ στην Ολλανδία Το 2009 έλαβε το μεταπτυχιακό του δίπλωμα και το 2010 ολοκλήρωσε την διδακτορική του διατριβή στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών.
Έχει δημοσιεύσεις σε ελληνικά και ξενόγλωσσα περιοδικά, πλήθος ανακοινώσεων σε ξένα και ελληνικά συνέδρια ενώ έχει συμμετάσχει σε συγγραφή βιβλίων. Είναι επιστημονικός συνεργάτης στην Α’ ΩΡΛ κλινική του Πανεπιστημίου Αθηνών με γνωστικό αντικείμενο την Αλλεργική ρινίτιδα Η έρευνα του καλύπτει μεγάλο πεδίο της Ωτορινολαρυγγολογίας και κυρίως ρινολογία, χειρουργική ρινός-παραρρινίων, διαταραχές ζάλης, φωνής, βαρηκοΐα και παιδο-ΩΡΛ προβλήματα.
Ο Ελευθέριος Μαργαρίτης είναι μέλος του Ιατρικού Συλλόγου Αθηνών, της Πανελλήνιας Εταιρείας Ωτορινολαρυγγολογίας – Χειρουργικής Κεφαλής και Τραχήλου και της Πανελλήνιας Ρινολογικής Εταιρείας.